PCR檢測試劑盒引物設(shè)計的基本原則
日期：2024-11-22 12:10
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摘要：
PCR反應中有兩條引物，即5′端引物和3′引物。設(shè)計引物時以一條DNA單鏈為基準（常以信息鏈為基準），5′端引物與位于待擴增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物與位于待擴增片段3′端的一小段DNA序列互補。引物設(shè)計的基本原則：
1、引物長度：15-30 bp，常用為20 bp左右。
2、 引物堿基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C 過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC 好隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
3、 引物內(nèi)部不應出現(xiàn)互補序列。
4、兩個引物之間不應存在互補序列，...
PCR反應中有兩條引物，即5′端引物和3′引物。設(shè)計引物時以一條DNA單鏈為基準（常以信息鏈為基準），5′端引物與位于待擴增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物與位于待擴增片段3′端的一小段DNA序列互補。引物設(shè)計的基本原則：
1、引物長度：15-30 bp，常用為20 bp左右。
2、 引物堿基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C 過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC 好隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
3、 引物內(nèi)部不應出現(xiàn)互補序列。
4、兩個引物之間不應存在互補序列，尤其是避免3 ′端的互補重疊。
5、 引物與非特異擴增區(qū)的序列的同源性不要超過70%，引物3′末端連續(xù)8個堿基在待擴增區(qū)以外不能有完全互補序列，否則易導致非特異性擴增。
6、引物3‘端的堿基，特別是 末及倒數(shù)第2個堿基，應嚴格要求配對，合適選擇是G和C。
7、 引物的5 ′端可以修飾。如附加限制酶位點，引入突變位點，用生物素、熒光物質(zhì)、地高辛標記，加入其它短序列，包括起始密碼子、終止密碼子等。